私はペン入れまでは紙の原稿にやって、それを取り込んでベタ以降をデジタル作業してるんですが、ツヤベタ自体は紙の原稿の方に筆ペンで入れてから取り込んでます。
アナログのほうであまり細かくツヤベタを入れすぎると、取り込んで二値化した時にイリやヌキの部分が潰れたり掠れたりしがちなので、アナログで入れるツヤベタは以前より大雑把にかっちりと入れるようになりました。(アナログで描いたものを取り込んだ状態↓

そこにベタを流し込んで、↓

その後ホワイトで細かくツヤを入れます↓

ペンは特殊なツヤベタ用ブラシとかではなく、ふつうの丸ペンブラシです。